到日本自助旅游，一般的花费预算除了食宿之外，最大的支出应该是交通费了。常用的交通工具有飞机、铁路电车、长途巴士、路线巴士以及地铁，另外日本的离岸小岛也有不少各具本土风味，游艇也可能会加入旅游的工具行列。如果你想用一趟出国的机会玩个够本，那么在机票或车票上下功夫就是一般的功课了。
在日本如果旅游路线渐行渐远，不知不觉间交通费就会非常惊人。以游两京的行程为例──传统的京都、现代的东京，如果你搭乘JR（日本国铁）的新干线二个半小时可到达（有点像从台北到彰化的感觉），单程自由席未指定座位花费约一万三千圆日币，指定席还要再加钱（台北到彰化大约可以坐近十趟“自强号”了）；搭一般自由席快车的话价钱约八千日圆可以省三分之一强，但自由席像坐电联车，有没有座位需看运气，而且时间最快要花费八小时四十分，中途要换车三次；然而搭飞机的话，反而要花四小时。
京都没有机场，从离京都最近的大阪机场搭飞机的话，飞行时间约一个半小时（京都到大阪快车一小时，新干线半小时，外加市区机场间的时间），单程的机票接近二万三千圆日币比新干线一万三千圆贵。但如果你在台湾购买日本国的航空公司国际段加国内段的套票，或是同一家航空公司多点进出加上旅馆组合的自由行机票的话，一段大约只要三千元台币，比起新干线还要省。
新干线也有发行一般自助旅游热爱者熟知的“周游券”，以票期是连续七天的无指定席周游券为例，价格大约是八千四百元台币。用这张日本周游券周游日本当然是大赚了，不过为了充分利用这张日本周游券而在上车下车匆促的行程中，你对日本的旅游印象大概只能用“到此一游”来形容，根本无法深入的体会、细致的玩味了。
所以一般说来要到交通费用昂贵的日本旅游，不比到欧洲旅游，出国前要购买日本国铁周游券时，还是要搭配自己的旅行计划妥善规划，才有“赚到”交通费的机会（切记不比欧洲铁路PASS可以把火车车厢当旅馆，在日本的JR上根本不可能赚到住宿费），否则恐怕得不偿失。而且日本的旅游景点除了JR，还要搭配路线巴士或地铁或空中缆车等交通工具，日本区域巴士的费用也可用昂贵来形容，并不是买了JR周游券就可以一切OK的。
日本有本州、九州、四国、北海道四个较大的岛，两京都在“本州”，从地图上看来也相距不远，有点像是邻居，搭乘大家熟知的新干线花费已经相当惊人，搭乘巴士也要花上整整一个晚上的时间。如果景点之间路途遥远，那么搭乘飞机可能是比较轻松、便宜的选择，但是有的地区像京都没有国内机场，而且在日本买国内机票绝对不便宜，切记要在出国前先规划路线、预订好机票，否则会让你荷包失血。新干线虽然也有卧铺车，但是非常稀少，只有在日间一天到不了的路线上才有，而且价钱昂贵，比中途住宿旅馆还贵，除非要体验搭乘新干线卧铺车的经验，否则在预算控管上绝对是不经济的作法。@(http://www.dajiyuan.com)
