富兰克林一行到了伯利恒，发现那里的防务井然有序。是纳登赫廷的毁灭警告了这个爱好和平的教派的居民。镇上的主要房屋都用栅栏围护起来，室内的窗户与窗户之间堆放了许多铺路石，以备妇女用它们打退企图侵入房屋的敌人。他们还从纽约买回来枪支弹药以便自卫。由于伯利恒的防务情况良好，富兰克林一行人在那里只过了一夜便向伊斯顿去了。
　　
同伯利恒相比，伊斯顿一片混乱：食物储备已经耗尽，人们已准备放弃这里逃往费城。富兰克林当即着手组织城防。他在主要街道的两端设下岗哨，派出一支巡逻队绕城巡视，注意印第安人的动静，清除城镇周围的灌木丛，并安排通讯员定期到最偏远的农场去进行联络。同时，他和其他的巡察官员一道征集了两百名自卫队员。
　　
10天后，他们离开伊斯顿前往里丁，到达那里时已是1756年元旦的下午。宾州州长莫里斯正在那里等他们共商同保持友好立场的印第安人签订条约以及防务措施的问题，然后同返费城。
　　
然而，元月3日，一名通讯员来告知说，设防不久的纳登赫廷在元旦那天遭到印第安人袭击，守军中未战死者都被驱除。边防线上最薄弱也是最重要的一点又一次暴露在敌方的攻击面前。正在会谈的州长及巡察官们决定悬赏40西班牙元收买战死的印第安人的头皮。同时，决定派一名巡视官返回纳登赫廷重建那里的堡垒。富兰克林被选中了去执行这一危险而艰巨的任务。元月6日临行前，富兰克林从州长莫里斯被授予在诺桑普敦施行行政管理，分发军火，任免自卫队军官的全权。
　　
这并非出自州长的本意。他在纽约和麻萨诸塞、纽泽西的州长举行商谈，回到费城后，发现费城国民自卫队已选举了富兰克林为指挥官。这不是个令人愉快的消息：富兰克林是议会同业主势力作斗争的核心人物。州长和州参事会在批准选举结果时迟疑不决，一味拖延。直到国民自卫队在州长家的门前举行了一次游行，才使他同意认可了那一选择。
　　
富兰克林在伯利恒逗留了一个星期，一边安抚民心，一边征召民兵前往纳登赫廷，并派出部队守卫位于山区的城镇。元月15日他在给妻子的信中说他们即将出发，“我们一起有130个人，一定要小心行事，不让我们的疏忽大意给敌人以可乘之机”。
　　
元月15日，富兰克林率领着他的人马，包括士兵，一队熟练的伐木工人，边区农民，7辆大车各配置了6匹马，一名医生和一名随军牧师。在向纳登赫廷行进途中，队伍的两翼都派出了侦察兵在山林中搜索前进，以防敌人的袭击。富兰克林在艰苦行军的途中度过了他的50岁生日。
　　
18日，他们抵达了纳登赫廷，那天是星期日。到星期五，他们的堡垒完工了。堡垒由新砍伐的木头一根接一根、牢固地栽在地里，地面部分高达4 米，形成一堵高墙，墙的内侧搭有2米高的木板踏脚，供守军士兵站在上面从墙上的枪眼向外射击。整个堡垒长8米，宽17米。防御没有火炮的印第安人，这样简陋却也坚实的堡垒足够了。到第二个星期日，他们升旗鸣枪，用州首席法官的名字将这堡垒命名为“艾伦堡”。那天，富兰克林写信告诉妻子说：“我们一天比一天过得舒适些了”。当时，富兰克林和他手下的军官们总算可以睡在木堡内的地板上了。后来他在信中告诉妻子：“我想给你写封长信，可这里进来了一些人，从各个不同地方来的。他们有事找我而打断了我。我们只有一个房间，什么都相当公开。”已经习惯过舒适生活的富兰克林在边防线上的艰苦环境中却一直保持了愉快而幽默的心情。
　　
后来，他们又筑起了两座木堡：艾伦堡以东15英里处的诺利斯（州议会议长的名字）堡和以东同样距离处的富兰克林堡。在此期间，富兰克林已在诺桑普敦县组织了13个联队共计500人左右的国民自卫队，分布在从纳登赫廷到伊斯顿之间的防线上，并解决了这支军队的装备、供给和相互联络等问题。由于仍然不断的敌方偷袭而出现的难民也得到了安置。他还亲自率侦察队往周围地区的树林中搜索印第安人，虽然没有找到印第安人的踪影，却使印第安人看到了他们升起的营火，加之已知道白人在这一带建了堡垒，派驻了守军，于是，印第安人一时不太敢于出山袭击了。
　　
2月1日，议会开会的通知到了，开会日期是2月3日。
　　
佛兰克林带儿子立即上路，在2月5日夜里赶回了费城。在议会开会期间，费城国民自卫队2月24日正式选举了佛兰克林为指挥官，得到州长的批准。在佛兰克林第一次检阅了费城自卫队后，官兵们伴随他回家，并一定要在他家门前鸣炮致意。结果，炮声将佛兰克林实验室里电学仪器上的几块玻璃震掉摔碎了。另一个结果是这炮声引起了宾州业主汤玛斯•宾的忌恨，他指责佛兰克林是要倚仗手中这支军队攫取宾夕法尼亚的政权，并请求英国邮政大臣免除佛兰克林北美殖民地邮政总代理的职务，被委婉地拒绝了。
　　
就在汤玛斯•宾在英国得到关于此事的报告，并极尽其能事，在内阁控告攻讦佛兰克林时，佛兰克林已经在佛吉尼亚的威廉堡了，“快乐得像一只鸟 ”（他3月30日给妻子的信）。4月2日，他被威廉和玛丽学院授予荣誉学位。5月，他回到宾州议会开会。6月，他带了一份请愿书到纽约交给行将卸去赴美英军司令之职的前州长谢利，谢利不久要动身去英国。他的赴美英军司令之职将由7月赴美的劳顿勋爵继任。后来佛兰克林同劳顿勋爵见过几面，但他并没有真正地陷入到军务中去。
　　
当佛兰克林返回费城时，宾州议会和州长、业主的斗争正在激烈进行。业主和州长这次想把佛兰克林争取到他们的营垒中来。州长莫里斯提议由佛兰克林以将军衔领兵前去夺取杜奎恩堡，但佛兰克林看出了他们的用意，因而并不热心。不久，莫里斯便去职了。8月，继任的州长丹尼上尉从英格兰为佛兰克林带回了皇家学会1753年授予他的金质奖章。在费城为丹尼举行的招待会上，丹尼把奖章交给了佛兰克林，并作了表达敬意的致辞。饭后，宴席上的人们还在喝酒，丹尼把佛兰克林拉到一间空房里，大谈对佛兰克林的好感，然后话题便转到了议会业主之争上来。丹尼极力证明业主对于宾夕法尼亚怀有良好的意图，希望佛兰克林从中斡旋，使议会放弃对业主的各项措施的抵制，使业主和他的臣民言归于好，会有利于宾州的政务，佛兰克林本人也会得到业主的酬谢和报答。
　　
佛兰克林对此的答复是，“感谢上帝我的经济情况很好，我不需要业主给我任何恩惠；同时，作为一个议员，我也无法接受业主的任何赏赐”。他也说道：“我和业主之间并无个人的嫌隙，任何时候只要他提出的公共措施符合人民利益，我一定会比别人更热烈地拥护和赞成。我过去之所以反对是由于业主提出的措施显然只为业主的利益服务，严重损害了人民的利益。”佛兰克林对州长对他表达的好意表示了感谢，并表示愿尽力使他顺利执政，但希望他没有像他的前任那样带来业主的指示，束缚了自己的手脚。对这些，州长未作回答。
　　
事实上，州长既为业主所委派，就不可能不按业主的意旨行事。在后来的施政过程中，州长和州议会的争执一如既往，而佛兰克林仍然站在议会方面斗争的最前列：第一次要求州长将对业主的指示通知州议会的请求是佛兰克林写的，后来议会对这些指示的反对意见也是佛兰克林执笔的。但是，他和丹尼之间却维持了相当不错的私人交往。佛兰克林从丹尼那里获知，他早年的朋友詹姆士•拉尔夫现在是英国最卓越的政论家之一，他的散文被认为是第一流的，但他的诗却遭人鄙薄，声名不佳。
　　
4月14日，州长向特拉华族印第安人宣战，颁布了以重金悬赏印第安人的俘虏或头皮，包括妇女和12岁以下的儿童。这种无情措施的施行使大量的教友会教徒辞职离开了议会，非教友会教徒在议会中占了多数。在议会通过拨款议案时，州长仍坚持业主不能依例纳税。9月，议会按州长的条件决议拨款3万镑用于军务，在当时的紧急情况下在自身权利问题上作了妥协，但决定向英格兰奇去一份抗议书。
　　
到了年底，宾夕法尼亚的形势空前危急：法军仍然占据着杜奎恩，8月以来还拿下了英军在奥斯维格的堡垒。11月，一队印第安人袭击了艾伦堡，守军或被杀或被俘，剩下的被迫逃离，并烧毁了村庄和佛兰克林指挥建造的木堡。莱希空地向法军敞开了。
　　
12月，州长要求议会拨款12万5千镑用于来年的军务，议会只拨款10万。1757年1月，州长否决了这项议案，并说要将议案的副本上交国王。议会则于月28日决议派代表到英国去提交自己一方的理由，次日，又决定派佛兰克林出使英国。正在这时，驻美英军司令劳顿勋爵来到费城，找佛兰克林和州长晤谈，谋求调解此事，打开僵局。但劳顿主要是劝说议会方面依从州长的意图。

佛兰克林回忆当时的情形是，“他恳求我利用我的力量和他们一道来达到这个目的，他声言他不能分出英王的军队来保卫我们的边境，如果我们自己不继续作防御准备，我们的边境必然容易遭受敌人的袭击”。在这种情况下，佛兰克林说服了议会，只是在这场合下让步，而不在原则上让步。议会另外通过了一项符合业主指示的议案，州长立即批准了。
　　
同时，佛兰克林作为州议会的使者，于4月4日偕同儿子一道，离开费城往纽约搭船，直奔伦敦向英王请愿去了。在纽约，经过长达两个多月的无谓拖延，一直到6月中，佛兰克林乘坐的船才随船队驶离纽约。途中，船队几次遭到了敌船的追击，还差一点撞到礁石。佛兰克林却在研究船速同载货、装帆和驾驶方法的关系，并注意到了灯塔的重要性，最重要的是他为《穷理查历书》写了新序言，即《亚伯拉罕老者的讲话》。

一个多月过去，船终于在英国南部的海港法尔默斯靠岸。佛兰克林父子下了船，立即出发前往伦敦，在途中“只稍作停留参观了索尔斯伯里平原的史前石柱和威尔顿的潘布洛克勋爵的宅邸、花园以及他的珍奇古玩 ”，于7月26日到达了伦敦。