厚生勞動省迄今的對策是將疫區分成兩類，感染者少的地方，疑似感染者須前往指定醫療機構接受檢查，確定感染後一律得住院接受治療，嚴重的疫區採彈性措施，輕症者可在家治療，今後一律採取後者的彈性因應方式。

厚生勞動省以往規定，醫療機構對簡易檢查呈現陽性反應者一律進行基因檢查，但是，由於新型流感迄今只呈現弱毒性，為避免今年秋天可能出現的蔓延造成醫療機構難以應付而放寬因應措施。

根據新的決定，全國的醫療機構都可診療疑似感染的病，感染者原則在家裡療養，患有其他疾病者或重症者才要住院，有氣喘或糖尿病等易於重症化者，將在出現疑似症狀後就投用克流感等治療藥。

日本過去為掌握疫情，對疑似感染者全員實施基因檢查，今後將限於對學校等可能出現集體感染的情況下實施，全國都道府縣為防止疫情擴大，視需要將繼續實施停課等措施。

有關入境的檢疫，即使入境者有疑似感染症狀原則上將在自宅療養，不進行基因檢查也不必住院隔離治療，對所有入境者分發健康詢問表以及對與感染者接近人士的健康觀察措施也將取消。

厚生勞動省已宣佈將從7月中旬開始製造新流感的疫苗，可望生產2500萬人份，10月起應可開始供給，至於接種對象的優先順序有待今後的檢討。

日本至今晨為止的新型流感確定病例，包括11例境外感染病例共達741例，分佈全國1都（東京都）1道（北海道）2府（大阪府和京都府）和29個縣，占總數的7成。厚生勞動省指出，迄今未有重症者，大多數感染者都已痊癒。