軍種協作最麻煩的問題之一已經困擾了陸、海軍10年：美國的海岸空防應從什麼地方開始？普拉特的前任們想建一支大型的陸基遠程巡邏轟炸機隊伍，這惹惱了陸軍航空兵。他們認為，遠端轟炸機只應由他們指揮。陸軍認為，以艦載飛機對抗敵海軍艦隊才是海軍的任務，而不是用陸基飛機。

海岸防禦的問題很快解決了。普拉特願意討論。麥克亞瑟任總參謀長兩個月後宣佈，從此“海軍將以艦艇為基地，把指揮艦載兵力作為基本的、最重要的任務。陸軍將以陸地為基礎，把海岸防禦作為其基本任務之一。”

麥克亞瑟還想與海軍解決的一個主要問題是橄欖球。海軍學院校長湯瑪斯‧C‧哈特取消了陸、海軍的年度比賽。安納波利斯海軍學院的越位元規則比西點學院的要嚴格得多。這可能使海軍軍校學員在場上比賽時處於木利地位。而哈特也不願讓陸軍年年得勝。對麥克亞瑟而言，取消陸海軍比賽是件嚴重的事，值得總參謀長注意。

1932年8月25日，麥克亞瑟讓哈特洗耳恭聽了90分鐘關於橄欖球的重要軍事價值。哈特不願讓麥克亞瑟去找普拉特，於是讓了步。當年秋天，陸、海軍系列賽重新開始。

麥克亞瑟與陸軍航空兵的關係比與海軍的關係要麻煩得多。在他任總參謀長期間，麥克亞瑟不得不與要求從陸軍中獨立出去的航空兵軍官們作鬥爭，而且還要受他們在國會中有權有勢同盟的責駡。他並非無視航空兵的價值。相反，他認為它是現代軍隊的一個重要組成部分。

麥克亞瑟任總參謀長之後不久，就爬進了一架飛機。飛機升空後，他對著一個微型麥克風叫道：“這證明陸軍指揮官可以用飛機撥開戰爭的迷霧。”過去這層迷霧曾使他看不見事實，與勝利失之交臂，或使他意外地失敗。

很多航空兵官兵都認為總參謀長對他們有敵意，對航空兵的潛力視而不見。他們錯了，至少麥克亞瑟不是這樣。他在1931年給赫爾利的一份很長的備忘錄中坦率地表示：“航空兵是國防力量的一部分，必須給予重視。”航空兵當時正想把飛機增至1800架。麥克亞瑟建議要更多，航空兵至少應有2950 架飛機。

他所反對的是讓航空兵獨立，因為獨立將使航空兵不再作為諸兵種合成部隊的一部分而承擔責任。他還拒絕對航空兵軍官制定單獨的晉升名單。陸軍的提拔極其緩慢。陸軍航空兵希望通過單獨的晉升名單來加快提拔速度。飛行補貼已經使航空兵飛行員的薪水增長了50％。如果他們的飛行時間比條例規定的最低時間還多，他們還能掙到更多的錢。有的航空兵軍官，如漢普‧阿諾德和圖依‧斯帕茨，掙的比麥克亞瑟還多，而他們只是中校。

麥克亞瑟任總參謀長之前，國會就在致力於擴大航空兵。國會堅持以犧牲其他兵種來擴充航空兵使麥克亞瑟怒火中燒，憤怒難抑。步兵、炮兵和騎兵吃驚的看著他們的預算一年年縮減，以便購買航空兵要增加的飛機。

麥克亞瑟實際上也無能為力。航空兵有眾議院軍事事務委員會主席南卡羅萊納州的約翰‧J‧麥克斯旺作為有力後臺。他們的另一個朋友是羅斯‧科林斯。陸軍部長喬治‧德恩幾乎在每次與國會的較量中都支持麥克亞瑟，但這次他大部分時間都病重，幫不了什麼忙。

麥克斯旺繼續致力於立法使航空兵脫離陸軍，給航空兵以單獨的提拔管道，即使這麼做會得罪所有的非航空兵軍官，並讓很多人厭惡地脫離。正如艾森豪1934年2月在給前助理總參謀長喬治‧范‧霍恩‧ 莫斯利的信中哀歎的那樣，“這一年我們與眾議院軍事事務委員會的所有接觸都在圍繞航空兵問題。”

航空兵試圖空運郵件，這給了麥克亞瑟又一個頭疼的問題。羅斯福任總統後，國會和白宮都在質疑，與目前運送郵件的航空公司所簽訂的合同是否過於優惠？問題還未得到徹底調查，羅斯福就取消了空運郵件的合同。1934年2月星期5中午，郵政總局局長助理哈爾利‧布蘭奇請來福羅伊斯，問他航空兵能否運郵件。福羅伊斯與幾名助手簡單研究了一下問題，在“不向困難低頭”精神的鼓勵下，給了令布蘭奇滿意的回答。

約一小時後，福羅伊斯正要通報總參謀長助理關於他和布蘭奇的談話，“麥克亞瑟出現了。他臉色通紅，我立刻意識到他正在找我，我有麻煩了。‘福羅伊斯，’他吼道，‘一名記者剛剛告訴我，總統已經發佈了行政命令，讓航空兵承擔運送郵件的任務。你知道嗎？”

麥克亞瑟很生氣，福羅伊斯居然不跟他打招呼就承擔了如此危險的任務，使陸軍和陸軍的榮譽受到很大的威脅。假如航空兵完不成任務怎麼辦？沒有退路。麥克亞瑟只能期望最佳結果，盡力做出高姿態。
他召開了新聞發佈會，向一群匆匆召集的記者宣佈：“陸軍將出色地完成運郵任務，對此我信心十足。我相信，陸軍將再次展示其根據任務應變的能力，就像它組織公共資源保護隊時那樣。這將是陸軍時刻準備響應召喚的又一個例子。”

他和所有的人都知道，軍隊中唯一受國會青睞的一部分就是神氣的航空兵，但這支隊伍目前裝備奇差，飛機缺乏在惡劣氣象條件下飛行的儀器，並且不適於郵運。但福羅伊斯在沒有審查是否能完成這項使命的情況下就讓他的人投入了這項冒險的任務。這樣，即使這項任務過於艱巨而無法完成，他也沒有退路了。事實正是如此。

1934年2月，美國大部分地區經歷了一場嚴寒。在訓練郵運時7名飛行員喪生於事故。隨著死亡人數增加，新聞界把矛頭指向了總統。但這一行動走上正軌後，事故率下降了許多。

然後，3月9日晚，又有3名飛行員喪生，使死亡總人數達到了10名。第二天，麥克亞瑟被召到白宮。總統想立刻見他和福羅伊斯將軍。他們迅即被引到羅斯福的臥室。羅斯福在著名的林肯床上斜躺著，沒有一句問候的話，馬上尖刻地問道：“將軍，這些空運殺戮何時結束？”

福羅伊斯答道：“除非飛機停飛，總統先生。”

羅斯福被這種粗魯的回答激怒了。他劈頭蓋臉地把麥克亞瑟和福羅伊斯痛駡了10分鐘，充分表現出蔑視貶低他人的天賦。麥克亞瑟一言不發。羅斯福最後龍飛鳳舞地給德恩寫了一封信命令——是的，是命令——空難必須立刻停止！然後，他以一種高貴而厭倦的手勢打發了兩名垂頭喪氣的將軍。
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